Dalam mematuhi Akta Pertubuhan, MERCY Malaysia mengemukakan akaunnya kepada juruaudit luar, menerbitkan Laporan Tahunan untuk semakan dan mengadakan Mesyuarat Agung Tahunan untuk semua ahli, biasanya pada bulan Jun setiap tahun. [46]

Struktur dan tadbir urus pertubuhan itu digariskan di dalam Perlembagaan MERCY Malaysia. [47]

Penaung

Penaung MERCY Malaysia adalah Tuanku Diraja Sultan Dr Nazrin Muizuddin Shah dari Perak. Mengikut Perkara 17 di dalam Perlembagaan, "Seorang Penaung Persatuan, tertakluk kepada persetujuan beliau, hendaklah seorang yang terpilih yang dilantik oleh resolusi Mesyuarat Agung."

Lembaga Pemegang Amanah

MERCY Malaysia kini mempunyai enam pemegang amanah di Lembaga [48]

Tan Sri Dato 'Ajit Singh, bekas Diplomat Malaysia kini berkhidmat sebagai Pengerusi Lembaga Pengarah.

Mengikut Perkara 16 di dalam Perlembagaan, pemegang amanah diberi kuasa untuk "memastikan tadbir urus yang baik untuk Persatuan termasuk, tetapi tidak terhad kepada, perkara yang berkaitan dengan tadbir urus, kesihatan kewangan, audit dan pengurusan aset Persatuan."

Oleh kerana MERCY Malaysia bukan sebuah syarikat berdaftar, keupayaan untuk memperoleh aset dihadkan oleh Akta Pertubuhan. Walau bagaimanapun, dengan peruntukan dalam Perkara 19, yang menggariskan skop Pelaburan Ke Arah Sara Diri, melalui Lembaga Pemegang Amanah, MERCY Malaysia "mempunyai kuasa untuk memiliki tanah, untuk memohon dan mendapatkan tanah, untuk pajakan, mengecas dan menyahcas tanah, mendirikan dan memiliki bangunan di atas tanah yang diperolehi."

Majlis Eksekutif

Mengikut Perkara 8 di dalam Perlembagaan , Majlis Eksekutif hendaklah terdiri daripada:

1. )Seorang Presiden; yang hendaklah menjadi seorang Doktor Perubatan
2. )_Dua orang Naib Presiden, di mana Naib Presiden I adalah seseorang daripada bidang perubatan dan Naib Presiden II yang bukan dari bidang perubatan;
3. )Seorang Setiausaha Kehormat;
4. )Seorang Penolong Setiausaha Kehormat;
5. )Seorang Bendahari Kehormat;
6. )Tiga orang ahli Majlis Biasa di mana sekurang-kurangnya seorang daripadanya hendaklah merupakan seseorang daripada bidang perubatan.

Ahli Persatuan

Menurut Perkara 6, terdapat dua jenis keahlian yang membolehkan hak mengundi dalam Mesyuarat Agung Tahunan; Ahli Biasa dan Ahli Seumur Hidup. Perbezaannya ditakrifkan dalam yuran yang dibayar kepada pertubuhan.

Satu lagi jenis keahlian yang boleh didapati adalah Ahli Kehormat. Kategori ini bertujuan memberi penghormatan kepada individu yang secara langsung atau tidak langsung menyumbang kepada objektif pertubuhan, dan pencalonan dibuat oleh Majlis Eksekutif. Ahli Kehormat tidak berhak untuk mengundi dalam Mesyuarat Agung Tahunan.

Sekretariat

Mengikut Perkara 11, "Persatuan hendaklah mempunyai suatu Sekretariat yang terdiri daripada Pengarah Eksekutif dan beberapa pegawai, semua bekerja di bawah Persatuan sama ada sebagai pekerja tetap atau kontrak. "

Sekretariat bertanggungjawab bagi melaksanakan keputusan yang dibuat oleh Majlis Eksekutif, di mana Pengarah Eksekutif melaporkan kepada Majlis Eksekutif secara berkala.

Untuk mengelakkan konflik kepentingan, tiada anggota Majlis Eksekutif akan pada masa yang sama bekerja sebagai anggota Sekretariat. Perbezaan ini juga perlu oleh kerana Majlis Eksekutif dilantik oleh ahli Persatuan. Pegawai-pegawai di Sekretariat bekerja di bawah pertubuhan, dan oleh itu hubungan mereka dengan organisasi ditadbir oleh kontrak pekerjaan mereka dan Akta Kerja 1955.